مدتی پیش خبری در رسانه‌ها مخابره شد مبنی بر اینکه بخشی از زمین این حوزه علمیه به نام آیت‌الله کاظم صدیقی، واعظ و سخنران دینی مشهور، و همچنین دو فرزندشان ثبت شده است. 

پس از انتشار این خبر بود که پاسخ‌هایی برای رفع شبهه از سوی حوزه علمیه امام خمینی (ره) و همچنین آیت‌الله صدیقی اعلام شد. 

در آخرین واکنش صورت گرفته، ساعاتی پیش، حوزه علمیه امام خمینی (ره) با صدور بیانیه‌ای با اشاره به جزئیاتی جدید از ماجرای زمین مربوط به این حوزه، اعلام کرده است: دستور بازگشت مالکیت زمین به حوزه صادر و مراحل اداری آن در حال انجام است و پس از نهایی شدن، اطلاع‌رسانی خواهد شد.

در متن بیانیه جدید حوزه علمیه امام خمینی (ره) آمده است: 

پیرو مباحث مطرح شده در خصوص حوزه علمیه حضرت امام خمینی (ره) تهران و آیت‌الله صدیقی، تولیت محترم این حوزه، با احترام به حساسیت جامعه نسبت به حفظ اموال عمومی و احترام به مطالبه افکار عمومی به اطلاع می‌رساند:

1- آیت‌الله صدیقی از زمان تأسیس حوزه علمیه امام خمینی (ره) در سال 1382 در نظر داشتند مجتمعی فرهنگی-آموزشی به منظور فعالیت‌های فرهنگی و جدب نوجوانان ذیل حوزه علمیه تأسیس نمایند. به همین منظور، ثبت مؤسسه‌ای فرهنگی-آموزشی وابسته به حوزه علمیه در دستور کار قرار گرفت تا امکان بهره‌مندی از مزایای قانونی موسسات آموزشی فراهم گردد.

2- با توجه به فراهم نبودن شرایط و امکانات، این مهم به تأخیر افتاد تا اینکه در آبان‌ماه 1402، فردی که سال‌ها امین مجموعه حوزه بوده و خدماتی به حوزه داشت، مأمور انجام کار می‌شود اما در فرآیند ثبت اساسنامه، امضای تولیت محترم و برخی دیگر از اعضا جعل و اساسنامه‌ای با عنوان «غیرتجاری» اما با شرح وظایف تجاری و با سهام افراد حقیقی، برای این مؤسسه تنظیم و ثبت می‌گردد.

3- بعد از ثبت مؤسسه مذکور با عنوان «مؤسسه غیرتجاری پیروان اندیشه‌های قائم» تولیت حوزه با اعتماد به فرد مذکور در تنظیم اساسنامه بر مبنای توافقات و خط مشی تعریف شده، با حضور در دفترخانه، سند بخشی از زمین حوزه را به مؤسسه مذکور منتقل کرده و آن را امضاء می‌‌کند.

4- بعد از اطلاع از تخلفات صورت گرفته در تحریف اساسنامه و جعل امضاء، دستور بازگشت زمین به حوزه صادر و مراحل اداری آن در حال انجام است و پس از نهایی شدن، اطلاع‌رسانی خواهد شد.

5- در حال حاضر، اموال حوزه امام خمینی (ره) تهران از جمله ملک مذکور، در اختیار کامل این حوزه است و هیچ تصرفی از طرف مؤسسه و افراد حقیقی در آن انجام نشده است.

در پایان ضمن دعوت از اصحاب رسانه به رعایت تقوی و اصول اخلاقی، شیوه‌های پیچیده و هدفمند جنگ ترکیبی دشمنان قسم خورده نظام جمهوری اسلامی ایران را یادآور شده و اعلام می‌دارد بهترین راه برای مقابله با این تهاجمات، پرهیز از اظهار نظرهای عجولانه و مبتنی بر حدس و گمان است.