اگرچه الکترونیکی شدن گام بسیار مهمی در تسهیل امور تجاری است، اما از بروز مشکلات و حتی اقدامهای خلاف قانون جلوگیری نمی کند به عنوان مثال طی بررسی تخلفات یک شرکت فعال در حوزه واردات قطعات خودرو که متهم به بیش از 33 هزار میلیارد تومان قاچاق سازمان یافته شده بود مشخص شد؛
که به دلیل قرار داشتن این شرکت در مسیر سبز ،گمرکی عدم انجام نظارتهای کافی و تأیید اشتباه این اسناد از سوی کارگزار سامانه ترخیص برخی از کالاهای این شرکت از گمرک به وسیله بارگذاری اسناد جعلی و تصاویر غیر مرتبط از جمله تصاویر طبیعت جملات قصار و... بوده و اساساً گواهی ترخیص ارائه نشده بود.