به گزارش خبرنگار اقتصادی خبرگزاری تسنیم،‌ در بخشی از گزارش سازمان حسابرسی کشور مربوط به صورت‌های مالی شهر فرودگاهی امام خمینی (ره) سال مالی منتهی به 30 اسفند 1403 آمده است:

«در برخی موارد از جمله قرارداد مرکز پشتیبانی و خدمات هوایی (ایرتاکسی) منعقده با هواپیمایی پویا، آشیانه منعقده با شرکت هواپیمایی قشم، احداث مرکز تعمیر و نگهداری هواپیما منعقده با شرکت توسعه خدمات هور سپهر سامان و ترمینال بار هوایی منعقده با شرکت‌ هواپیمای فارس قشم علی‌رغم انقضا مدت ساخت مطابق مفاد قرارداد تکمیل نگردیده و با تاخیر مواجه است.

121 هکتار از زمین‌های مورد استفاده به‌نام شرکت نیست. همچنین در سنوات قبل بخشی از اراضی شرکت (32 هکتار) جهت ارائه خدمات در اختیار شرکت‌های پست جمهوری اسلامی ایران و هواپیمایی جمهوری اسلامی ایران قرار گرفته و از این بابت قرارداد اجاره منعقد نشده و در این ارتباط درآمدها نیز به طور کامل شناسایی نشده است.

همچنین تعداد 43 دستگاه واحد مسکونی و 21 دستگاه وسائط نقلیه و ماشین‌آلات به نام شرکت فرودگاهها و ناوبری هوایی ایران بوده و تعداد 47 واحد مسکونی و 44 دستگاه وسائط نقلیه و ماشین‌آلات فاقد اسناد مالکیت است.»