هدی خامنه‌ای نیز که متولد سال ۱۳۶۰ و کوچک‌ترین فرزند خانواده بود، همسر شهید مصباح‌الهدی باقری‌کنی شدند. مصباح‌الهدی فرزند آیت‌الله محمدباقر باقری‌کنی، عضو سابق مجلس خبرگان رهبری و سرپرست پیشین دانشگاه امام صادق(ع)، بود و همچنین برادر علی باقری‌کنی، رئیس پیشین تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای ایران، به شمار می‌رفت. همسر هدی خامنه‌ای در حمله ۹ اسفند به شهادت رسید.

دو دختر آیت‌الله شهید سیدعلی خامنه‌ای با دو خانواده شناخته‌شده جمهوری اسلامی یعنی باقری‌کنی و محمدی گلپایگانی وصلت کردند. بشری خامنه ای همراه پدرشان به شهادت رسیدند.