شورای عالی امنیت ملی در اطلاعیه‌ای، خبر شهادت آیت الله خامنه‌ای را تایید کرد و اعلام کرد: «به استحضار مردم شهیدپرور ایران می‌رساند حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی در حمله مشترک آمریکای جنایتکار و رژیم صهیونیستی در صبح دوشنبه نهم اسفند ماه به شهادت رسیدند.

در پی جنایت آمریکا و رژیم صهیونیستی در به شهادت رساندن مقام معظم رهبری، ۴۰ روز عزای عمومی و ۷ روز تعطیل رسمی اعلام شد.