متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است: 

بسم الله الرحمن الرحیم

با تاسف فراوان خبر رحلت عالم مجاهد جناب حجت الاسلام و المسلمین محمدی ری شهری، رحمت الله علیه را دریافت کردم. برای کسانی که از تقوا و سلامت نفس و مجاهدت مستمر این روحانی انقلابی باخبرند، فقدان وی ضایعه ای تلخ و اندوهبار است. تنوع عرصه های مجاهدت این عالم ربانی؛ علمی، اخلاقی، انقلابی، سیاسی، اداری که همه با اخلاص و صفا همراه بود، از او شخصیتی کم نظیر پدید آورده بود. 
اینجانب در طول دهها سال آشنایی همواره صلاح و پرهیزگاری را در ایشان مشاهده کرده ام و امیدوارم این ذخیره ارزشمند موجب رحمت و مغفرت و علو درجات وی شود. 

صمیمانه به فرزندان محترم و دیگر بازماندگان و همه دوستان و همکاران و شاگردان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض میکنم. 
والسلام علی عباد الله الصالحین. 

سید علی خامنه ای
 2 فروردین 1401