محورهای این برنامه شامل دو جدول است، جدول اول محورهایی که ناظر بر حل چالش‌های جاری کشور و درصدد حل آن‌ها تدوین شده است و جدول دوم محورهای که ناظر بر کلان روندهاست و در راستای پاسخگویی به نیازهای آینده و آینده نگری است.
همچنین ۲ طرح اجرایی بلندمدت سرمایه‌گذاری کلان ملی و هوشمندسازی آزمون‌های سازمان سنجش و آموزش کشور از اقدامات تحولی این معاونت به شمار می‌رود.
ارتقاء کارآمدی سیاستگذاری جوانی جمعیت کشور و ارتقای فعالیت‌های شورای عالی عتف نیز یکی دیگر از اقدامات تحولی معاونت پژوهش وزارت علوم در دولت سیزدهم بوده است که راه‌اندازی دوره‌های پسادکتری (بنیادی، کاربردی، فناوری و صنعتی) و اخذ مجوز سالانه امریه سربازی با موافقت مقام معظم رهبری، تأسیس و راه‌اندازی صندوق شورای عالی عتف و ساماندهی پژوهشگران مستقل از اهم مصوبات این شورا محسوب می‌شود.
تعیین سکوی نظام‌ایده‌ها و نیازها (نان) به عنوان پنجره واحد نظام ملی علوم، تحقیقات و فناوری ملی یکی دیگر از اقدامات تحولی شورای عالی عتف بوده است.
مرجعیت علمی نیز که به عنوان یکی از اولویت‌های پنج‌گانه وزارت علوم در دولت سیزدهم مطرح شده بود، در معاونت پژوهشی پیگیری شد به طوری که از بدو پیروزی انقلاب اسلامی ایران تا آغاز فعالیت دولت سیزدهم، تعداد ۱۰۱ نشریه وزارت علوم تحقیقات و فناوری در پایگاه استنادی اسکوپوس نمایه شده بود در حالی که از ابتدای دولت سیزدهم حدود سه سال تعداد ۷۲ نشریه به تعداد فوق اضافه شد و در حال حاضر مجموعاً ۱۷۳ نشریه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در پایگاه استنادی اسکوپوس نمایه شده است. از مجلات تحت حمایت نمایه بین‌المللی نیز حمایت مالی می‌شود.
به گفته پیمان صالحی معاون پژوهشی وزارت علوم، تعداد نشریات نمایه شده در پایگاه نشریات با دسترسی آزاد (دوآج) به ۸۹۰ نشریه رسیده است که تا قبل از دولت شهید رئیسی تعداد ۱۰۰ نشریه در پایگاه دواج نمایه شده بود از این بین ۴۴۰ نشریه فارسی زبان موفق به اخذ نمایه شده‌اند و رتبه ایران از ۹ به ۶ در دنیا ارتقاء یافته است.
صالحی می‌گوید: زبان فارسی نیز بین ۸۹ زبان علمی دنیا از رتبه ۱۱ به ۹ ارتقاء یافته است.
از دیگر اقدامات معاونت پژوهشی وزارت علوم این بود که به اعضای هیئت علمی جدیدالاستخدام در پنج سال گذشته استادان ممتاز، دانشمندان یک درصد و دو درصد بین‌المللی در سال ۱۴۰۲ پژوهانه ویژه پرداخت شد.
همچنین تصویب قانون جهش علمی بر مبنای عملکرد که معادل ۱۰ یا پانزده درصد حکم استخدامی است به عنوان کارانه به اعضای هیئت علمی پرداخت می‌شود. ارتقای دیپلماسی علمی، طرح پژوهانه حامع، تقویت ارتباط جامعه با صنعت از طریق واگذاری ۳۷ مأموریت ملی به دانشگاه‌ها و طرح‌های دیگر از جمله اقدامات تحولی معاونت پژوهشی وزارت علوم بوده است.