مهدی‌خانی بعد از دو سال حضور در جمع سرخپوشان و در ۱۵ بازی برای قرمزها به میدان رفت و انتظارات را برآورده نکرد و در نهایت جدا شد. این مهاجم برای دریافت مطالباتش از قرمزها شکایت کرده است.
در پرونده شکایت مهدی مهدی‌خانی از باشگاه پرسپولیس این باشگاه موظف به پرداخت ۲ میلیارد و ۲۰ میلیون ریال شد.
این در شرایطی است که گفته می‌شود پنجره باشگاه پرسپولیس با توجه به شکایت این بازیکن بسته است اما چنین موضوعی صحت ندارد و باشگاه پرسپولیس در پرونده این مهاجم تنها باید مطالبات مهدی‌خانی را پرداخت کند. البته باشگاه بخشی از این مطالبات را پرداخت کرده و چنانچه مابقی مبلغ بدهی او را واریز نکند می‌تواند با مشکل جدیدی روبه‌رو شود.