براساس دستورالعمل «حمایت از ایجاد، توسعه فعالیت و اعتباربخشی به مراکز نوآوری»، مرکز نوآوری، مرکزی است که با هدف توسعه فناوری و نوآوری در یکی از زیرساختهای متعلق به نهاد موسس، تأسیس می‌شود تا با فراهم آوردن زمینه رشد و توسعه مهارت‌های فنی و کسب و کار افراد و تیم‌های دارای ایده، هسته‌های فناور و شرکت‌های نوپا به ساخت نمونه اولیه و نیمه صنعتی، توسعه محصولات (کالا و خدمات) جدید، همچنین رشد و توسعه بازار برای محصولات فناورانه و دانش‌بنیان کمک نماید.
انواع مراکز نوآوری ذیل این دستورالعمل عبارتند از مراکز نوآوری دانشگاهی و پژوهشی - که نهاد موسس این مراکز، دانشگاه‌ها و پژوهشگاه‌ها بوده و بر رشد و توسعه ایده‌های دانشجویان، اعضاء هیئت علمی و پژوهشگران متمرکز بوده و در زمینه به تولید نمونه اولیه محصول، تجاری‌سازی یافته‌های پژوهشی و انتقال فناوری شکل گرفته در بستر دانشگاه/ پژوهشگاه به صنعت فعالیت می‌کنند - مراکز نوآوری پارک علم و فناوری - که نهاد موسس آن‌ها، پارک علم و فناوری بوده و با تمرکز بر توسعه فناوری و نوآوری در صنایع آن منطقه، فعالیت می‌کنند- مراکز نوآوری دولتی - که نهاد موسس آن‌ها، دستگاه اجرایی دولتی بوده و در راستای توسعه نوآوری‌ها و فناوری‌های مورد نیاز آن دستگاه از طریق توسعه محصولات جدید و توسعه و ترویج فناوری متناسب با فعالیت دستگاه اجرایی در سطح جامعه، فعالیت می‌کنند.
مراکز نوآوری بخش خصوصی (شرکتی) - که نهاد موسس این مراکز بخش خصوصی بوده و به منظور ایجاد و تکمیل زنجیره نوآوری در صنعت مربوطه و مبتنی بر نیازهای فناورانه و نوآورانه آن صنعت/بنگاه ایجاد و منجر به توسعه محصولات و خدمات جدید و نوآورانه در صنعت می‌شوند - و نهایتا، مراکز نوآوری مشارکتی - که در یکی از زیرساختهای نهاد موسس و با همکاری مشترک با نهاد همکار در راستای اهداف مشترک نهاد موسس و همکار در توسعه محصولات و خدمات جدید و نوآورانه ایجاد می‌شوند.
براساس این آیین‌نامه، دفتر توسعه زیرساختهای زیست بوم نوآوری معاونت علمی، وظیفه و اختیار سیاستگذاری، راهبری و نظارت بر روند ارزیابی صلاحیت و ارائه گواهی صلاحیت به مراکز نوآوری، نظارت و ارزیابی مستمر بر مراکز نوآوری دارای گواهی صلاحیت، تعیین شاخص‌ها، اوزان و سایر شرایط و استانداردهای لازم برای اعتباربخشی مراکز نوآوری، بازنگری و به‌روزرسانی دستورالعمل و شاخص‌های ارزیابی در صورت نیاز، تهیه و به‌روزرسانی بسته‌های حمایتی مادی و معنوی مراکز نوآوری و حمایت از توسعه تعاملات مراکز نوآوری دارای صلاحیت با سایر ارگان‌های دولتی و خصوصی را برعهده دارد.