انتقادها اما به سمت رویکردهای مدیریتی وزارت علوم روان است؛ از تسامح با برخورد دانشجوهای مسئله دار تا حراست صحیح از فضای دانشگاهها. بخشی از این انتقادات در صحبتهای مسئول بسیج دانشجویی دانشگاه تهران نمود دارد. بنیامین شیعی با اشاره به حمایت‌های صورت‌گرفته از دانشجویان مسئله‌دار میگوید: چهار روز از زمانی که برخی مسئولان از عدم بازداشت یک دانشجو حمایت کردند گذشته و در این مدت، تنها مواضعی که اتخاذ شده، در جهت توجیه و کاهش هزینه اقدامات رادیکال و خشونت‌آمیز در دانشگاه بوده است. همین دانشجویان در آینده علیه همان مسئولان اقدام خواهند کرد.

مسئول بسیج دانشجویی با خطاب قرار دادن وزیر علوم بیان می کند: دانشجو یا دانشجونما دقیقاً چه اقدام دیگری باید انجام دهد تا با او برخورد شود؟ آیا باید چاقو بکشد، بطری و سنگ پرتاب کند، تهدید کند، گروه‌های سازمان‌یافته تشکیل دهد، فضای مجازی را مسموم کند یا دست به تحریم بزند؟

وی با انتقاد از تعطیلی سازوکارهای انضباطی در دانشگاه‌ها اشاره دارد: از سه سال پیش تاکنون، اگر دانشجویی کوچک‌ترین تخلفی انجام می‌داد، بلافاصله کمیته انضباطی تشکیل می‌شد، اما اکنون حتی یک جلسه کمیته انضباطی در دانشگاه‌ها برگزار نشده و وزیر علوم به این موضوع افتخار می‌کند.

نتیجه چنین ضعف هایی است که می بینیم در حالی که چندین هفته از فتنه خونین ۱۸و ۱۹دی گذشته، عده ای درصدد این هستند که اتش ان فتنه را در کف دانشگاههای کشور دوباره شعله ور کنند و با سردادن شعارهای هنجارشکن، در دست گرفتن پرچم منحوس پهلوی و پرتاب سنگ و چاقو به سمت سایر دانشجویان و تخریب اماکن دانشگاه آتش فتنه ای جدید را برافروزند.

طبق بررسی ها تعدادی از لیدرهای ساختارشکنی های اخیر در دانشگاههای علوم‌پزشکی، دارای تابعیت مضاعف آمریکا، بلژیک و اسپانیا بوده و با وعده ارائه کمک هزینه‌های تحصیلی و خرید خودرو و ماشین به دانشجویان، آنها را برای حضور در تجمعات همراه کرده‌اند.این در حالیست که در اغتشاشات ضدحجاب سال ۱۴۰۱ نیز این افراد نقشی محوری داشته‌اند.