چالش‌هایی که می‌تواند شامل پیشینه سیاسی و مدیریتی ظفرقندی باشد که به نوعی مورد نقد یا انتقاد مخالفین یا نحوه ی مواجهه با مسائل و مشکلات موجود باشد چرا که وزارتخانه‌ای که قرار است آن را هدایت کند، با مشکلات پیچیده و چالش‌های زیادی روبرو است، ممکن است نمایندگان مجلس نگرانی‌هایی در مورد توانایی او برای حل این مسائل داشته باشند.
روزنامه فرهیختگان هم در این باره نوشت : با توجه به اظهاراتی که تاکنون نمایندگان در مورد وزرای پیشنهادی داشته‌اند، به نظر می‌رسد ظفرقندی سخت‌ترین مسیر را برای کسب رای اعتماد از مجلس داشته باشد. در گفت‌وگویی که با یکی از نمایندگان مجلس محتوای نخستین جلسه کمیسیون بهداشت و درمان و موضع نمایندگان در مورد ظفرقندی مورد پرس‌وجو قرار گرفت.
این نماینده مهم‌ترین مسائل مطرح شده در کمیسیون بهداشت را این‌گونه تشریح کرد: «در جلسه کمیسیون بهداشت با ظفرقندی، چالش‌های نظام سلامت همچون کمبود دارو، کمبود اعتبارات، کمبود پزشک و پرستار، عدم اولویت پیشگیری بر درمان و صرفا درمان‌محور بودن و همچنین موضع‌گیری‌های سیاسی ایشان مورد بررسی قرار گرفت. ایشان هم مجموعا خیلی کوتاه صحبت کرد.» این عضو کمیسیون بهداشت انتقاداتش به برنامه ارائه شده از جانب ظفرقندی را این‌گونه مطرح می‌کند: « ظفرقندی در جلسه روز دوشنبه برنامه‌اش آماده نبود و سه‌شنبه این برنامه ارائه شد.
برنامه را بنده مطالعه کردم. به نظر برنامه‌ای تجمیعی است که آماده شده است. با توجه به متن برنامه به نظر می‌رسد در حوزه‌های مهمی همچون دارو، تجهیزات پزشکی، واکسن و فرآورده‌های سلامت بیشترین چیزی که در برنامه ایشان آمده مربوط به سیاست‌های کلی حوزه سلامت است اما روش اجرای این برنامه‌ها خیلی نیامده است.
اختلاف نظرهای جدی با ایشان وجود داشت و باید ببینیم در جلسه دوم چه نظراتی در مورد برنامه مطرح می‌شود. به نظرم می‌رسد برنامه، گردآوری از مطالب مطرح‌شده در سند برنامه هفتم توسعه و سیاست‌های کلی است. اینکه برای تحقق محورهای اساسی حوزه سلامت، راهبردی عملیاتی تدوین شده باشد، من برنامه را فاقد چنین چیزی می‌بینم.» این نماینده در پایان پیش‌بینی کرد ظفرقندی در جلب نظر نمایندگان با چالش جدی مواجه شود.